Viện Nghiên cứu Khoa học Miền Trung có tiền thân là Viện Tài nguyên, Môi trường và Phát triển bền vững tại Thành phố Huế được thành lập theo Quyết định số 222/QĐ-KHCNVN ngày 16/3/2009 của Chủ tịch Viện Khoa học và Công nghệ Việt Nam (nay là Viện Hàn lâm Khoa học và Công nghệ Việt Nam).
Lễ ra mắt Viện Tài nguyên, Môi trường và Phát triển bền vững tại Tp Huế năm 2009
Theo Quyết định số 2276/QĐ-VHL ngày 13/12/2013 và Quyết định số 2301/QĐ-VHL ngày 16/12/2013 của Chủ tịch Viện Hàn lâm Khoa học và Công nghệ Việt Nam, Viện Tài nguyên, Môi trường và Phát triển bền vững tại TP.Huế đã được đổi tên thành Viện Nghiên cứu Khoa học Miền Trung với chức năng và nhiệm vụ mới.
Từ ngày 1/10/2021, Viện Nghiên cứu Khoa học Miền Trung được sáp nhập và Bảo tàng Thiên nhiên Việt Nam và trở thành một đơn vị trực thuộc Bảo tàng Thiên nhiên Việt Nam theo Quyết định số 1556/QĐ-VHL ngày 28/9/2021 của Chủ tịch Viện Hàn lâm Khoa học và Công nghệ Việt Nam
Lễ công bố quyết định bổ nhiệm PGS.TS. Phạm Việt Cường giữ chức Viện trưởng Viện Nghiên cứu Khoa học Miền Trung
Lễ công bố và trao quyết định cử TS. NCVC. Hoàng Lê Tuấn Anh, Phó Viện trưởng phụ trách Viện Nghiên cứu Khoa học Miền Trung
Lễ công bố quyết định bổ nhiệm PGS.TS. Phạm Hồng Thái giữ chức Viện trưởng Viện Nghiên cứu Khoa học Miền Trung