Năm 1962, Tập san Hóa học ra số đầu tiên gồm 32 trang. Năm 1976, Tập san Hóa học được đổi tên thành Tạp chí Hóa học. Tạp chí tăng từ 32 trang lên 48 trang vào năm 1986; 64 trang vào năm 1992 và 96 trang vào năm 1996, và năm 2003 là 132 trang; năm 2005 Tạp chí được phép tăng từ 4 số/năm lên 6 số/năm, và từ đầu năm 2011 (tập 49), Tạp chí đã chuyển từ khổ 19 × 27 cm sang khổ A4 với hình thức ngày càng đẹp hơn. Từ năm 2014, Tạp chí được đầu tư nâng cấp chất lượng đạt chuẩn Quốc tế. Chính vì vậy những số được xuất bản hoàn toàn bằng tiếng Anh tăng lên. Năm 2018, Tạp chí xuất bản 2 số tiếng Việt và 4 số tiếng Anh. Từ năm 2019, Tạp chí đã xuất bản hoàn toàn bằng tiếng Anh, dùng tên chính thức là Vietnam Journal of Chemistry (VJC), có ISSN 2525-2323 cho bản in và ISSN 2572-8288 cho bản điện tử.
Từ số 1, tập 56, năm 2018, Tạp chí Hóa học chính thức hợp tác xuất bản với Nhà xuất bản Wiley-VCH có trụ sở tại Weinheim, Cộng hoà Liên bang Đức, và từ số 1/2018, Tạp chí có tên trên Platform của WOL, được xuất bản trực tuyến trên website http://vjc.wiley-vch.de. Từ tháng 1/2019, Tạp chí sử dụng phần mềm quản lí tòa soạn ScholarOne. Phần mềm trực tuyến này là công cụ hỗ trợ đắc lực Tạp chí trong việc nhận bài, gửi bài, mời phản biện, biên tập, trao đổi với các tác giả, phản biện trên toàn cầu. Tất cả các bản thảo khi xuất bản đều được kiểm tra mức độ trùng lặp bằng phần mềm Ithenticate của CrossRef.
Sau hai năm hợp tác, Tạp chí đã thay đổi toàn diện cả về hình thức và nội dung. Ban biên tập đã mời các chuyên gia nước ngoài tham gia vào Hội đồng biên tập. Tạp chí đã nhận được các bài viết của các tác giả trên thế giới gửi đăng. Số lượng bài viết được xem, tải và trích dẫn cũng tăng theo từng tháng. Năm 2019, Tạp chí được giới thiệu tới 700 cơ sở nghiên cứu, trường đại học và các viện nghiên cứu trên toàn châu Âu.
Với những kết quả đạt được, Tạp chí đã được American Chemistry Society (ACS), Leibniz Information Centre for Science and Technology University Library (TIB), ASEAN Citation Index (ACI) đưa vào danh mục trích dẫn. Tạp chí cũng được các hội đồng khoa học trong nước đánh giá cao và cho điểm tối đa khi bình duyệt.
Đặc biệt ngày 23/4/2020, Tạp chí đã nhận được thư chấp nhận của Web of Science (WOS) đưa Tạp chí vào danh mục các tạp chí mới nổi- Emerging Sources Citation Index (ESCI). Như vậy, Tạp chí đạt được 24/28 tiêu chí cốt lõi của WOS. Khi Tạp chí có tên trong hệ thống này, có thể sẽ được các tạp chí thuộc hệ thống của WOS, Scopus, SCImago… trích dẫn. Đây là tiền đề để sau hai năm vào danh mục WOS, nếu đạt được hệ số trích dẫn phù hợp, Tạp chí có thể được đưa vào danh mục SCIE.
