Các chất ức chế tiềm năng đối với SARS-CoV-2 Mpro có nguồn gốc từ biển

Hiện nay, việc sử dụng các hợp chất thiên nhiên để ngăn chặn hoạt động sinh học của protease chính của virus SARS-CoV-2 đang rất được quan tâm. Trong bối cảnh này, bằng phương pháp sử dụng kết hợp giữa AutoDock Vina và mô phỏng kéo nhanh phối tử (FPL), mười một hợp chất nấm biển đã được phát hiện có thể đóng vai trò là chất ức chế mạnh để ngăn chặn sự nhân lên của virus. Đặc biệt, bốn hợp chất bao gồm M15 (3-O-(6-O-α-L-arabinopyranosyl)-β-D-glucopyranosyl-1,4-dimethoxyxanthone), M8 (wailupemycins H), M11 (cottoquinazolines B), và M9 (wailupemycins I) được dự đoán có năng lượng tự do liên kết phối tử tương ứng là −9,87, −9,82, −9,62, và −9,35 kcal mol⁻¹, trong khi đó năng lượng tự do liên kết phối tử của các chất khác dao động trong khoảng từ −8.54 to −8.94 kcal mol⁻¹. Những kết quả này thu được thông qua sử dụng kết hợp giữa mô phỏng AutoDock Vina và FPL. Đáng chú ý, mặc dù AutoDock4 được cho là có kết quả chính xác cao hơn so với Vina, song Vina được chứng minh là một kỹ thuật phù hợp hơn để sàng lọc nhanh chóng ái lực liên kết phối tử với cơ sở dữ liệu lớn của các hợp chất, vì kỹ thuật này đòi hỏi tài nguyên máy tính nhỏ hơn nhiều so với AutoDock4. Hơn nữa, mô phỏng FPL tốt hơn so với Vina trong phân loại chất ức chế dựa trên phân tích ROC-AUC, cũng được áp dụng trong nghiên cứu này.

Nguồn trích dẫn: Nguyen Minh Tam, Minh Quan Pham, Huy Truong Nguyen, Nam Dao Hong, Nguyen Khoa Hien, Duong Tuan Quang, Huong Thi Thu Phung and Son Tung Ngo (2021). Potential inhibitors for SARS-CoV-2 Mpro from marine compounds . RSC Adv., 2021, 11, 22206-22213. DOI: 10.1039/D1RA03852D

Nguồn tin: Nguyễn Khoa Hiền, Viện nghiên cứu Khoa học miền Trung, Bảo tàng Thiên nhiên Việt Nam, VAST